Secondo le Linee Guida sulla Legionella emesse dal Ministero della Salute, il protocollo di controllo del rischio Legionellosi si divide in tre fasi sequenziali e correlate tra loro:

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• Valutazione del rischio: è un indagine che individua le specificità della struttura e degli impianti in essa esercitati.
  Si possono infatti realizzare condizioni che collegano la presenza effettiva o potenziale di Legionella negli impianti alla possibilità di contrarre l’infezione.

• Le informazioni relative alla Valutazione del rischio ed al relativo Piano di Controllo devono essere comunicate dall’incaricato della Valutazione al gestore della struttura.

• In alternativa a un suo preposto che, a sua volta, dovranno informare tutte le persone che sono coinvolte nel controllo e nella prevenzione della legionellosi nella struttura.​

• Gestione del rischio: tutti gli interventi e le procedure volte a rimuovere definitivamente o a contenere costantemente le criticità individuate nella fase precedente.
  Inoltre, qualsiasi intervento manutentivo o preventivo attuato deve essere sempre il risultato di una strategia che preveda un gruppo di lavoro multidisciplinare, che consideri tutte le caratteristiche dell’impianto e anche le possibili interazioni nell’equilibrio del sistema.

• Comunicazione del rischio: tutte le azioni finalizzate a informare, formare, sensibilizzare i soggetti interessati dal rischio potenziale (gestori degli impianti, personale addetto al controllo, esposti, ecc.).
  A tale scopo l’informazione e la formazione sono un elemento essenziale per garantire la corretta applicazione delle indicazioni per la prevenzione ed il controllo della legionellosi.
  Tale aspetto è valido nei riguardi di qualunque struttura nella quale siano esercitati impianti a rischio legionellosi.